安全な自然体験のために、エキノコックス駆除を実施しています。グラン・ヒラフでは、エキノコックス症対策のため、2008年よりサマーゴンドラ、ホテルニセコアルペン、ニセコ東急ゴルフコース周辺などで駆除を行なっています。2008年秋の検査では、この地域のキツネへのエキノコックスの感染は確認されていません。なおこの事業は「NPO法人　WAOニセコ羊蹄再発見の会」のエキノコックス駆除事業に協力して実施しています。

エキノコックス症は、キツネの糞などに含まれる卵が口から入ることで人に感染します。

グラン・ヒラフの営業施設周辺では毎月1回、キツネに虫下しを入れたエサ（ベイト）を食べさせ、お腹の中のエキノコックス成虫を駆虫しています。それによってヒトへの感染源となるエキノコックスの卵を営業地域から除去しています。

※駆虫剤は安全性が高く、ペットや他の生物が誤って口にしても害はありません。

エキノコックスは、成虫がキツネの小腸に寄生し、卵はキツネの糞に混じって体外に出ます。その卵をエゾヤチネズミが摂取すると、卵からかえった幼虫がネズミの肝臓に寄生し、膨大な数に増殖します。幼虫に寄生された野ネズミをキツネが食べると、幼虫はキツネの小腸に移り、そこで成虫となって、卵を産みます。ヒトが誤って、この虫卵を飲み込むと、エキノコックスの幼虫に寄生されます。これがエキノコックス症です。現在、有効な治療薬がないので、予防が大切です。また、イヌが幼虫に寄生された野ネズミを食べると、キツネと同様に成虫を宿すので注意が必要です。